Объект представляет собой комбинированный подземный водный канал с выходами по обе стороны Балаклавской горы, с сухим доком, цехами для ремонта, складами для хранения торпедного и иного вооружения, жильем для личного состава, столовыми, кухней, ванными, душевыми, комнатами отдыха, командными пунктами, противоатомными убежищами. Общая длина тоннеля 500 метров, длина потерны, где находятся основные цеха, — 300 метров. Длина самого подводного канала составляет 360 метров, ширина от 6 до 12 метров, глубина в среднем 6 метров, но достигает местами 8,5 метра. Самые большие штольни — диаметром 22 метра. Здесь могут разместиться семь подлодок основных советских проектов, а при необходимости в убежище могло скрыться до 14 субмарин разных классов. При угрозе ядерного нападения штольни укрыли бы не менее трех тысяч рабочих, защита комплекса позволяла выдержать прямое попадание ядерного боезапаса мощностью до 100 килотонн, то есть в пять раз больше бомбы, сброшенной на Хиросиму. Со стороны бухты вход в штольню перекрывался плавучим батопортом, который поддувался воздухом и всплывал. Для выхода в открытое море из штольни на северной стороне был оборудован выпуск для субмарин, который также перекрывался плавучим, но отводящимся в сторону батопортом. Оба отверстия в скале были искусно закрыты маскировочными приспособлениями и сетями.